COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 14.618406 14.618406 14.815230
2021-02-03 17:00:00 14.196680 14.196680 14.840293
2021-02-02 17:00:00 12.845745 14.502993 14.838287
2021-02-01 17:00:00 16.227118 16.227118 14.949141
2021-01-31 17:00:00 13.790906 13.790906 14.996606
2021-01-30 17:00:00 14.226573 14.226573 15.042763
2021-01-29 17:00:00 16.722515 16.722515 15.142338

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 16.204559 16.204559 11.555836
2021-02-03 17:00:00 15.057009 15.057009 11.563083
2021-02-02 17:00:00 6.683641 6.683641 10.996419
2021-02-01 17:00:00 2.105401 5.099778 10.222444
2021-01-31 17:00:00 4.321187 12.556614 9.308818
2021-01-30 17:00:00 12.195122 12.195122 8.594354
2021-01-29 17:00:00 16.333333 16.333333 8.014026

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 10.608424 17.989418 16.027776
2021-02-03 17:00:00 18.528610 18.528610 16.237728
2021-02-02 17:00:00 10.658915 15.558699 16.272097
2021-02-01 17:00:00 9.219858 17.058824 16.715281
2021-01-31 17:00:00 9.698997 9.698997 16.864227
2021-01-30 17:00:00 17.994859 17.994859 17.069494
2021-01-29 17:00:00 8.211679 13.313609 17.172605

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 8.067093 8.067093 8.940338
2021-02-03 17:00:00 10.868079 10.868079 8.992331
2021-02-02 17:00:00 6.680080 6.680080 9.174086
2021-02-01 17:00:00 10.322922 10.322922 9.225749
2021-01-31 17:00:00 7.327259 7.327259 9.372249
2021-01-30 17:00:00 7.442937 7.442937 9.458712
2021-01-29 17:00:00 12.383749 12.383749 9.722508

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 13.878652 13.878652 14.056770
2021-02-03 17:00:00 13.686083 13.686083 13.906747
2021-02-02 17:00:00 12.332260 12.332260 14.078521
2021-02-01 17:00:00 28.761574 28.761574 14.213764
2021-01-31 17:00:00 11.434868 11.434868 13.970071
2021-01-30 17:00:00 13.702478 13.702478 13.714711
2021-01-29 17:00:00 19.174282 19.174282 13.847483

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 22.115028 22.115028 26.711020
2021-02-03 17:00:00 24.202497 24.202497 26.879086
2021-02-02 17:00:00 17.124489 17.124489 27.352105
2021-02-01 17:00:00 42.985685 42.985685 28.003601
2021-01-31 17:00:00 36.716504 36.716504 28.027225
2021-01-30 17:00:00 28.777924 28.777924 28.468321
2021-01-29 17:00:00 30.555556 30.555556 28.871510

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 18.566946 18.566946 17.442808
2021-02-03 17:00:00 17.974026 17.974026 17.530007
2021-02-02 17:00:00 19.282511 19.282511 17.482589
2021-02-01 17:00:00 17.622951 5.501066 17.610257
2021-01-31 17:00:00 21.926910 21.926910 17.856482
2021-01-30 17:00:00 17.697228 17.697228 17.928875
2021-01-29 17:00:00 19.985648 19.985648 17.369518

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 4.923877 6.685459 6.373486
2021-02-03 17:00:00 6.423841 6.423841 6.486310
2021-02-02 17:00:00 5.865961 5.865961 6.489059
2021-02-01 17:00:00 9.584280 6.771794 6.455514
2021-01-31 17:00:00 6.130144 6.130144 6.464574
2021-01-30 17:00:00 5.807011 5.807011 6.533238
2021-01-29 17:00:00 6.823128 6.823128 6.571360

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 22.765363 13.081937 14.484127
2021-02-03 17:00:00 15.061409 15.061409 14.026244
2021-02-02 17:00:00 14.432990 14.432990 13.489841
2021-02-01 17:00:00 20.580110 37.016575 13.081068
2021-01-31 17:00:00 16.821918 16.821918 12.923156
2021-01-30 17:00:00 9.518477 9.518477 12.687850
2021-01-29 17:00:00 11.699550 11.699550 12.443067

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 19.657735 19.657735 18.399998
2021-02-03 17:00:00 18.012229 18.012229 18.916999
2021-02-02 17:00:00 20.212766 10.346001 19.404346
2021-02-01 17:00:00 19.128456 19.128456 19.848854
2021-01-31 17:00:00 19.527431 19.527431 20.216960
2021-01-30 17:00:00 19.848321 19.848321 20.573313
2021-01-29 17:00:00 21.719250 21.719250 20.974460

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 14.384177 14.384177 11.780176
2021-02-03 17:00:00 13.429888 13.429888 11.938968
2021-02-02 17:00:00 8.653846 8.653846 11.971583
2021-02-01 17:00:00 19.129555 6.221198 11.995571
2021-01-31 17:00:00 14.416567 14.416567 12.285407
2021-01-30 17:00:00 13.221496 13.221496 12.201880
2021-01-29 17:00:00 11.845466 11.845466 12.130281

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 13.029316 13.029316 10.767607
2021-02-03 17:00:00 7.323944 9.987196 10.525249
2021-02-02 17:00:00 8.659218 10.328947 10.247714
2021-02-01 17:00:00 10.485437 10.485437 10.068226
2021-01-31 17:00:00 10.532276 10.532276 9.964525
2021-01-30 17:00:00 10.600255 10.600255 9.724686
2021-01-29 17:00:00 10.690122 10.690122 9.573993

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 101.771117 101.771117 82.686467
2021-02-03 17:00:00 71.055495 71.055495 81.727793
2021-02-02 17:00:00 94.526627 94.526627 81.217981
2021-02-01 17:00:00 27.622378 76.566757 80.423614
2021-01-31 17:00:00 33.865120 63.150778 78.693524
2021-01-30 17:00:00 85.906040 85.906040 77.785663
2021-01-29 17:00:00 94.551282 94.551282 77.638996

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 68.181818 68.181818 NaN
2021-02-03 17:00:00 116.000000 116.000000 NaN
2021-02-02 17:00:00 44.215938 44.215938 NaN
2021-02-01 17:00:00 37.857143 147.857143 NaN
2021-01-31 17:00:00 45.454545 45.454545 NaN
2021-01-30 17:00:00 83.032491 83.032491 NaN
2021-01-29 17:00:00 131.196581 131.196581 NaN

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 17.885638 17.885638 14.680901
2021-02-03 17:00:00 13.532716 13.532716 14.692543
2021-02-02 17:00:00 13.447003 13.447003 14.553372
2021-02-01 17:00:00 20.015576 14.382403 14.673235
2021-01-31 17:00:00 15.540150 15.540150 14.738041
2021-01-30 17:00:00 13.528098 13.528098 14.829483
2021-01-29 17:00:00 18.898899 18.898899 15.099692

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 27.045770 27.045770 27.259832
2021-02-03 17:00:00 24.432483 24.432483 27.554470
2021-02-02 17:00:00 16.507042 16.507042 27.064022
2021-02-01 17:00:00 16.652021 43.717047 27.638217
2021-01-31 17:00:00 99.165121 99.165121 28.441381
2021-01-30 17:00:00 21.332354 21.332354 28.691377
2021-01-29 17:00:00 21.548075 21.548075 28.880770

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 9.606373 9.606373 6.701261
2021-02-03 17:00:00 4.746100 4.746100 6.886911
2021-02-02 17:00:00 2.914614 2.914614 6.890216
2021-02-01 17:00:00 11.212397 4.692865 7.136376
2021-01-31 17:00:00 9.090909 9.090909 7.277972
2021-01-30 17:00:00 8.737123 8.737123 7.435708
2021-01-29 17:00:00 9.191702 9.191702 7.539940

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 13.294019 13.294019 14.639964
2021-02-03 17:00:00 14.198718 14.198718 14.733905
2021-02-02 17:00:00 16.359102 16.359102 14.870769
2021-02-01 17:00:00 17.847158 12.906487 15.030262
2021-01-31 17:00:00 14.464646 14.464646 15.126302
2021-01-30 17:00:00 15.528634 15.528634 15.421885
2021-01-29 17:00:00 16.520826 16.520826 15.841899

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 9.633667 7.256940 7.305513
2021-02-03 17:00:00 6.426405 7.812278 7.336755
2021-02-02 17:00:00 6.682298 6.682298 7.334470
2021-02-01 17:00:00 9.678256 5.333143 7.500073
2021-01-31 17:00:00 7.089241 7.089241 7.621556
2021-01-30 17:00:00 8.621676 8.621676 7.733651
2021-01-29 17:00:00 8.087134 8.087134 7.813890

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 26.341808 26.341808 22.205968
2021-02-03 17:00:00 30.171278 30.171278 22.655601
2021-02-02 17:00:00 19.957687 19.957687 22.461826
2021-02-01 17:00:00 74.093264 10.098870 22.474249
2021-01-31 17:00:00 23.728814 23.728814 22.468920
2021-01-30 17:00:00 15.713301 15.713301 22.742894
2021-01-29 17:00:00 23.775727 23.775727 23.005146

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 13.095238 13.095238 8.866126
2021-02-03 17:00:00 13.253012 13.253012 9.413208
2021-02-02 17:00:00 3.333333 3.333333 9.025450
2021-02-01 17:00:00 13.043478 3.571429 9.106571
2021-01-31 17:00:00 15.533981 15.533981 9.663228
2021-01-30 17:00:00 1.351351 1.351351 9.846343
2021-01-29 17:00:00 14.545455 14.545455 10.564455

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-04 17:00:00 28.589662 28.589662 24.883932
2021-02-03 17:00:00 21.764706 21.764706 25.152943
2021-02-02 17:00:00 26.158382 26.158382 25.346195
2021-02-01 17:00:00 33.574720 18.579235 25.171832
2021-01-31 17:00:00 21.573714 21.573714 25.814614
2021-01-30 17:00:00 25.941697 25.941697 26.433701
2021-01-29 17:00:00 37.826421 37.826421 27.285533

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 16.204559 16.204559 11.555836
Basilicata 10.608424 17.989418 16.027776
Calabria 8.067093 8.067093 8.940338
Campania 13.878652 13.878652 14.056770
Emilia-Romagna 22.115028 22.115028 26.711020
Friuli Venezia Giulia 18.566946 18.566946 17.442808
Lazio 4.923877 6.685459 6.373486
Liguria 22.765363 13.081937 14.484127
Lombardia 19.657735 19.657735 18.399998
Marche 14.384177 14.384177 11.780176
Molise 13.029316 13.029316 10.767607
P.A. Bolzano 101.771117 101.771117 82.686467
P.A. Trento 68.181818 68.181818 NaN
Piemonte 17.885638 17.885638 14.680901
Puglia 27.045770 27.045770 27.259832
Sardegna 9.606373 9.606373 6.701261
Sicilia 13.294019 13.294019 14.639964
Toscana 9.633667 7.256940 7.305513
Umbria 26.341808 26.341808 22.205968
Valle d'Aosta 13.095238 13.095238 8.866126
Veneto 28.589662 28.589662 24.883932

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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